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导师介绍
姓名 万晓华  性别 女 
联系方式 wanxiaohua@ict.ac.cn  职称 副研究员 
研究方向

生物信息、高性能计算、图像处理

 
个人介绍
简历:

  万晓华,博士,副研究员。主要研究方向为高性能计算和生物信息。2012年获得中科院计算所博士学位,博士论文为“电子断层三维重构算法优化研究”。2012年7月留所在前瞻研究实验室担任助理研究员,2012年12月-2014年9月在University of California, San Diego 作为博士后访问学者进行交流。

  主要从事冷冻电镜图像处理的相关研究,特别在三维重构算法、大规模图像并行处理方面作出了一系列研究成果,相关算法及软件已经在University of California, San Diego、San Diego SuperComputing、Direct Electron、National Center of Biotechnology、清华大学、中科院生物物理所等单位得到广泛应用,为科学家发现新的生物结构提供关键技术。至今已经在SIAM Journal on Scientific Computing (中科院JCR一区)、Journal of Structural Biology、BMC Bioinformatics、IEEE Transactions on Nanobioscience、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics等国际顶级期刊和会议上发表论文18篇,其中第一或通信作者发表论文13篇。

  作为项目负责人主持国家自然科学青年基金项目1项和中科院人才项目“青促会”1项;作为科研骨干,参与中科院知识创新工程重大项目和多项国家自然科学基金。

  2011年获得计算所“优秀论文”二等奖和中科院计算所所长特别奖学金;2012年获得中科院院长优秀奖;2013年入选计算所“学术百星”;2014年获得计算所“优秀研究人员”;2015年入选中科院青年创新促进会。  

  

研究方向:

生物信息、高性能计算、图像处理

社会任职:
获奖及荣誉:
  • 2015年“中科院青年创新促进会”会员
  • 2014年中科院计算所优秀研究人员
  • 2013年中科院计算所“学术百星”称号
  • 2012年中科院院长优秀奖
  • 2011年中科院计算所所长特别奖学金
  • 2011年中科院计算所第五届学术大会最佳报告奖
  • 2011年中科院计算所优秀论文二等奖
  • ISBRA 2011, Student Travel Grant
  • 2010 – 2011学年获中科院级“三好学生”称号
  • 2010年获中科院计算所前瞻研究实验室优秀学生
  • 2009年获中科院计算所前瞻研究实验室优秀学生
代表论著:
  • Xiaohua Wan, Sebastien Phan, Albert Lawrence et. al, “Iterative methods in large field electron microscope tomography”. SIAM Journal on Scientific Computing, 2013, 35(5), S402-S419 (SCI, IF is 1.95,中科院JCR一区期刊).
  • Xiaohua Wan, Fa Zhang, Qi Chu, et. al, “High-performance blob-based iterative three-dimensional reconstruction in electron tomography using multi-GPUs”. BMC bioinformatics, 2012, 13:S4 (SCI, IF is 3.03).
  • Xiaohua Wan, Fa Zhang, Qi Chu et. al, “Three-dimensional Reconstruction Using an Adaptive Simultaneous Algebraic Reconstruction Technique in Electron Tomography”. Journal of Structural Biology, 2011, 175: 277-287 (SCI, IF is 3.5).
  • Ziying Zhou, Yugang Li, Fa Zhang, Xiaohua Wan, “FASART: An iterative reconstruction algorithm with inter-iteration adaptive NAD filter”. Bio-Medical Materials and Engineering 26 (2015) S1409–S1415 (SCI, 1.091, 通信作者).
  • Fa Zhang, Jingrong Zhang, Albert Lawrence, Fei Ren, Xuan Wang, Zhiyong Liu, and Xiaohua Wan, “BSIRT: A Block-Iterative SIRT Parallel Algorithm Using Curvilinear Projection Model”. IEEE Transactions on Nanobioscience, 14(2): 229-236, 2015 (SCI, 2.309, 通信作者).
  • Fa Zhang, Yu Chen, Fei Ren, Xuan Wang, Zhiyong Liu and Xiaohua Wan, “A Two-phase Improved Correlation Method for Automatic Particle Selection in Cryo-EM”. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2015 (in press, SCI, 1.438, 通信作者)
  • Ruijuan Chen, Xiaohua Wan, Ilkay Altintas, et. al, “EPiK-a Workflow for Electron Tomography in Kepler”. Procedia Computer Science (ICCS 2014), 29: 2295-2305 (co-first author).
  • Xiaohua Wan, Sebastien Phan, Albert Lawrence, et. al, “Iterative methods in large field electron microscope tomography”. Twelfth Copper Mountain Conference on Iterative Methods, Mar. 2012.
  • Xiaohua Wan, Fa Zhang, Qi Chu et. al, “High-performance Blob-based Iterative Reconstruction of Electron Tomography on Multi-GPUs”. International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA’ 2011), Lecture Notes in Bioinformatics, Springer Verlag,?6674: 61-72, 2011 (EI).
  • Xiaohua Wan, Fa Zhang, Zhiyong Liu, “Modified simultaneous Algebraic Reconstruction Technique and its Parallelization in Cryo-electron Tomography”. International Conference on Parallel and Distributed Systems (EI, ICPADS’2009).
  • Jingrong Zhang, Xiaohua Wan, Fa Zhang, et. al, “Parallel Scheme for Three-Dimensional Reconstruction in Large-Field Electron Tomography”. International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (EI, ISBRA’ 2014): 102-113.
  • Yu Chen, Fei Ren, Xiaohua Wan, et. al, “An Improved Correlation Method Based on Rotation Invariant Feature for Automatic Particle Selection”. International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (EI, ISBRA’ 2014): 114-125.
  • Renmin Han, Fa Zhang, Xiaohua Wan, et. al, “A marker-free automatic alignment method based on scale-invariant features”. Journal of Structural Biology, 2014, 196(1): 167-180 (SCI, IF is 3.5).
  • Qi Chu, Fa Zhang, Kai Zhang, Xiaohua Wan, et. al, “An accurate, automatic method for markerless alignment of electron tomographic images”. IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM2010): 393-396, 18-21 Dec 2010, Hong Kong (EI).
承担科研项目情况:
  • 2013.01 -2015.12 面向高分辨的电子断层三维重构算法研究 (国家自然科学基金青年基金项目),项目负责人
  • 2015.01 – 2018.12 面向大尺度生物图像的高精度三维分子结构重构技术研究(国家自然科学基金面上基金项目),项目执行负责人
  • 2013.01 – 2017.12 面向复杂生物数据处理的高效计算方法(国家自然科学基金重点基金项目),项目主要参与人员
  • 2011.01 – 2014.12 Biokepler(美国国家自然科学基金项目),项目主要参与人员
  • 2008.09 – 2011.12 冷冻电镜二维图像处理方法与三维重构研究(中科院知识创新工程重大项目),项目主要参与人员
  • 2010.01 – 2011.04 生物信息学示范应用(国家自然科学基金重点项目),项目主要参与人员
  • 2008.09 - 2009.12 生物信息学研究和应用(国家自然科学基金重点项目),项目主要参与人员
  • 2008.09 - 2009.03 高性能算法设计与分析(国家自然科学基金主任基金项目),项目主要参与人员
学科类别:
计算机应用技术
所属部门:
专家类别:
副高
杰青入选时间:
百人入选时间:
其他备注:
硕导计算机系统结构
其他备注2:
其他备注3:
 
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