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姓名 万晓华  性别 女 
联系方式 wanxiaohua@ict.ac.cn  职称 副研究员 
研究方向 生物信息学;高性能计算;图像处理
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个人介绍
简历:

2015年9月 — 今 :中科院计算所,副研究员

2012年7月 — 2015年9月 :中科院计算所,助理研究员

 

2012年12月 — 2014年9月:University of California, San Diego, 博士后

2008年9月— 2012年7月:中科院计算所,博士生

2002年9月— 2005年7月:北京交通大学,计算机与信息技术学院,硕士生

1998年9月— 2002年7月:中原工学院,计算机学院,本科生

 

其他:

http://people.ucas.edu.cn/~wanxiaohua

社会任职:
CCF生物信息专委会, 委员
获奖及荣誉:
  • 2015年“中科院青年创新促进会”会员
  • 2014年中科院计算所优秀研究人员
  • 2013年中科院计算所“学术百星”称号
  • 2012年中科院院长优秀奖
  • 2011年中科院计算所所长特别奖学金
  • 2011年中科院计算所第五届学术大会最佳报告奖
  • 2011年中科院计算所优秀论文二等奖
  • ISBRA 2011, Student Travel Grant
  • 2010 – 2011学年获中科院级“三好学生”称号
  • 2010年获中科院计算所前瞻研究实验室优秀学生
  • 2009年获中科院计算所前瞻研究实验室优秀学生
代表论著:

期刊文章:

[1] Zhilong Lv, Fubo Mi, Zhongke Wu, Yicheng Zhu, Xinyu Liu, Mei Tian, Fa Zhang, Xingce Wang, Xiaohua Wan. “A Parallel Cerebrovascular Segmentation Algorithm Based on Focused Multi-Gaussians Model and Heterogeneous Markov Random Field”. IEEE Transactions on Nanobioscience, 19(3) (2020), 538-546. (SCI, corresponding author)

[2] Zihao Wang, Jingrong Zhang, Weifang Gao, Zhiyong Liu, Xiaohua Wan, Fa Zhang. “A Consensus Framework of Distributed Multiple-tilt Reconstruction in Electron Tomography”. Journal of Computational Biology, 27(2), 2020 (SCI, corresponding author)

[3] Renmin Han, Xiaohua Wan, Lun Li, Albert Lawrence, Peng Yang, Yu Li, Sheng Wang, Fei Sun, Zhiyong Liu, Xin Gao, Fa Zhang. “AuTom-dualx: a toolkit for fully automatic ?ducial marker-based alignment of dual-axis tilt series with simultaneous reconstruction”. Bioinformatics, 35 (2019), 319-328 (SCI)

[4] Xiaohua Wan, Tsvi Katchalski, Christopher Churas, Sreya Ghosh, Sebastien Phan, Albert Lawrence, Yu Hao, Ziying Zhou, Ruijuan Chen, Yu Chen, Fa Zhang, Mark H. Ellisman. “Electron tomography simulator with realistic 3D phantom for evaluation of acquisition, alignment and reconstruction methods”. Journal of Structural Biology, 2017,198(2): 103–115 (SCI)

[5] Renmin Han, Xiaohua Wan, Zihao Wang, Yu Hao, Jingrong Zhang, Yu Chen, Xin Gao, Zhiyong Liu, Fei Ren, Fei Sun, Fan Zhang. “AuTom: A novel automatic platform for electron tomography reconstruction”. Journal of Structural Biology, 2017, 199(3): 196-208 (SCI, co-first author)

[6] Xiaohua Wan, Sebastien Phan, Albert Lawrence et. al, “Iterative methods in large field electron microscope tomography”. SIAM Journal on Scientific Computing, 2013, 35(5), S402-S419 (SCI)

[7] Fa Zhang, Yu Chen, Fei Ren, Xuan Wang, Zhiyong Liu and Xiaohua Wan. “A Two-phase Improved Correlation Method for Automatic Particle Selection in Cryo-EM”. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 14 (2017) 316-325 (SCI, corresponding author)

[8] Ziying Zhou, Yugang Li, Fa Zhang, Xiaohua Wan, “FASART: An iterative reconstruction algorithm with inter-iteration adaptive NAD filter”. Bio-Medical Materials and Engineering 26 (2015) S1409–S1415 (SCI, corresponding author)

[9] Fa Zhang, Jingrong Zhang, Albert Lawrence, Fei Ren, Xuan Wang, Zhiyong Liu, and Xiaohua Wan “BSIRT: A Block-Iterative SIRT Parallel Algorithm Using Curvilinear Projection Model”. IEEE Transactions on Nanobioscience, 14(2): 229-236, 2015 (SCI, corresponding author)

会议文章:

[1] Zhilong Lv, Rui Yan, Xinyu Liu, Zhongke Wu, Yicheng Zhu, Shiwei Sun, Fa Zhang, Xingce Wang, Xiaohua Wan. “Cerebrovascular Segmentation Algorithm Based on Focused Multi-Gaussians Model and Weighted 3D Markov Random Field”. IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM), November 18-21, 2019, San Diego, CA, USA (EI, corresponding author)

[2] Qin Zhang, Li Zha, Xiaohua Wan, Boqun Cheng. “A GPU Inference System Scheduling Algorithm with Asynchronous Data Transfer”. 2019 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), May 20-24, 2019, Rio De Janeiro, Brazil (EI)

[3] Zenan Shen, Zhimeng Gan, Fa Zhang, Xinyao Yi, Jinzhi Zhang and Xiaohua Wan. “Analysis of Codon Usage Patterns in Citrus Based on Coding Sequence Data”. 15th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA), June 3-6 2019, Technical University of Catalonia, Barcelona, Spain (EI, corresponding author)

[4] Enze Zhang, Boheng Zhang, Shaohan Hu, Fa Zhang and Xiaohua Wan. Classifying Mixed Patterns of Proteins in High-throughput Microscopy Images Using Deep Neural Networks. 2019 International Conference on Intelligent Computing (ICIC). August 3-6, 2019, Nanchang,China (EI, corresponding author)

[5] Zihao Wang, Jingrong Zhang, Xintong Liu, Zhiyong Liu, Xiaohua Wan, Fa Zhang. DM-SIRT: A Distributed Method for Multi-Tilt Reconstruction in Electron Tomography. 15th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA), June 3-6 2019, Technical University of Catalonia, Barcelona, Spain (EI, corresponding author)

专利:

[1]??????? 一种高分辨率遥感图像变化检测方法、系统及装置, 发明, 2020, 排名第一, 专利号: 202010079647.3

[2]??????? 一种基于卷积神经网络的三位颗粒类别检测方法及系统,发明,2020,排名第三,专利号:202010563714.9

[3]??????? 芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统, 发明, 2019, 排名第一, 专利号: 201910580198.8

[4]??????? 基于卷积神经网络的ET细胞图像自动分割方法, 发明, 2019, 排名第一, 专利号: 201910672147.8

[5]??????? 一种基于磁共振血管造影图像的脑血管分割方法和系统, 发明, 2019, 排名第一, 专利号: 201911105440.2

承担科研项目情况:

[1]国家自然科学基金面上项目:2017.01-2020.12面向高通量冷冻电镜图像的电子断层重构算法研究,项目负责人

[2]北京自然科学基金-海淀原始创新联合基金:2018.12-2021.12 面向深度学习的GPU虚拟化关键方法与技术研究,课题负责人

[3]中科院A类战略先导科技专项:2018.02-2022.12 地球大数据科学工程项目二——大数据计算与处理系统研发,子课题负责人

[4]国家自然科学基金-广东联合基金重点项目:2017.01-2020.12 面向典型疾病的高精度生物大分子三维结构研究,项目执行负责人

[5]国家自然科学基金青年基金项目:2013.01-2015.12 面向高分辨的电子断层三维重构算法研究,项目负责人

[6]国家自然科学基金面上基金项目:2015.01-2018.12 面向大尺度生物图像的高精度三维分子结构重构技术研究,项目执行负责人

[7]国家自然科学基金重点基金项目:2013.01-2017.12 面向复杂生物数据处理的高效计算方法,项目主要参与人员

[8]美国国家自然科学基金项目:2011.01-2014.12 Biokepler,项目主要参与人员

所属部门:
高性能计算机研究中心
其他备注:
硕导计算机系统结构
其他备注2:
 
其他备注3:
 
 
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